如果你想不开想要在公司集群上编译R

我前两天做了一个让我非常痛苦的决定。
我们公司的集群，IO极差，删anaconda文件夹可能要删三天。
我们公司的集群，为了安全考虑，一般人没有root权限。 我们公司的集群，不光没有root权限，软件和工具链也都完全不全。
所以我选择使用Anaconda当包管理器，但是一旦anaconda内部软件更新，外部依赖这些动态链接库的软件就会集体GG。比如htop、tmux(其实tmux也是我用anaconda装的)和自己装的ssh(为什么要自己装emmm，有缘再讲)。而且我平时用的最多的是R，但是R这个东西编译起来十分蛋疼所以我也用anaconda装了。
但是。
但是，anaconda里面的R版本更新特别慢，包的更新也特别慢，而且anaconda处理依赖的时候有我无法看出规律的诡异升级和降级过程，导致经常装一个新包的时候告诉你R要降级。

那就自己编译一个R！

好的，既然我想自己编译一个R，目的是摆脱anaconda对我的束缚。那我应该build everything from source对不对？好的，从这里开始就掉进坑里了。 公司服务器上预装的gcc是4.4.7版本的，不能满足编译R的需要，我们需要更新gcc。记住，没有包管理器。

GCC

编译gcc的文章网上有很多，这里我们最好选择7.x（因为我用8.x被坑了，8.x有些改动是不向下兼容的，很多包会编译失败）。GCC有三个依赖，同样的，系统上的版本并不能够满足版本要求。三个依赖分别是mpc, mpfr, gmp。如果你有管理员权限请直接用包管理器。。。

被IO折磨

我司集群io极差，你不能想象的那种。你按下cd自动补全比手敲还慢。网速也只有1m，总之emmm。好了我们继续。
编译R需要readlines依赖（可选，但我建议你加上，不然用不了方向键）,我是参考这个人的文章进行编译的，他说的很清楚，把我从一个大坑里拉了出来。编译时的LDFLAGS和CPPFLAGS如果不写，即使你在别的什么地方指定了readline/ssl/curl，R也是不会认的。（LD_LIBRARY_PATH也要写好） 经过无数天的素质三连(../configure blahblah然后make -j50然后make install)我往.zshrc里加入了两个alias。

alias pszll="mkdir build_dir && cd build_dir"
alias szll="make -j50 && make install"

configure就没写进去了，毕竟那么多参数要改。
好的，由于集群的io问题，我等待了半天(实指)后终于装好了。
加入环境变量，设好R_LIBS_USER作为自己以后装包的目录(强烈推荐，这样你在自己装的包出问题之后可以毫无负担地删掉这个目录) 看上去没什么问题，我表示可以启动R。

坑爹的IRkernel

由于我最终还是要在Jupyter lab里面使用R的，于是手动安装一个IRkernel。一切正常，直到我发现在jupyter里面执行任何代码都会导致kernel died（
我发现它报的错误是跟x有关，遂查到这个issue，可是我明明是加了--with-x=no的，实在不知道为什么（
由于时间有限加上我的工作并不是运维。。。所以我最终屈服了，使用了anaconda来安装R（好水啊这个文章图都没有）。 当然我也有隔离我的R的！新开了一个环境里面只有R和R包的依赖，然后在要用到python的时候使用别的环境（你能想象我司辣鸡IO让我浪费了多少生命吗）。

Last modified on 2018-12-03